Pelaksanaan penjaminan mutu pada Program studi S2 Manajemen merupakan tugas Unit Penjaminan Mutu (UPM) Program Studi S2 Manajemen Unesa. Dalam kerangka penjaminan mutu di Universitas maka UPM dibentuk dengan tujuan untuk pengendalian, penjaminan, dan penetapan mutu penyelenggaraan pendidikan di Program Studi yang dilakukan secara berencana dan berkelanjutan untuk pencapaian visi dan pelaksanaan misi Program Studi termasuk salah satunya Program Studi Manajemen, serta pemenuhan kebutuhan pemangku kepentingan (stakeholders).
 
UPM Program Studi S2 Manajemen mempunyai tugas antara lain:
1) Merencanakan, melaksanakan, dan mengembangkan penjaminan mutu;
2) Memonitor dan mengevaluasi pelaksanaan penjaminan mutu;
3) Melaksanakan audit mutu internal (AMI) diProgram Studi;
4) Melaporkan pelaksanaan penjaminan mutu kepada pimpinan Program Studi;
5) Pengecekan kelengkapan data pendukung dan borang audit; 
 
Implementasi Penjaminan Mutu
Implementasi penjamin mutu di Pascasarjana Unesa dipandu oleh manual mutu. Oleh karena itu pada tahap awal implementasi dilakukan sosialisasi semua dokumen, dilakukan proses pendampingan oleh tim ahli, diikuti dengan monitoring dan evaluasi. Kemudian secara regular dilakukan audit internal oleh PPM Unesa dan juga oleh existing auditor yang dimiliki oleh Pascasarjana Unesa.
Semua proses akademik dan administrasi telah memiliki PM. Para personil menerapkan PM ini secara konsisten, meskipun pada tahap awal proses mengubah mindset mendapat perhatian yang serius. Implementasi penjaminan mutu diterapkan pada semua aspek sebagai berikut.

1. Penyusunan kurikulum, mengikuti naskah akademik yang sudah dikembangkan di Universitas dengan memperhatikan regulasi mutakhir, serta market signal yang diperoleh melalui tracer study.
   
2. Setiap dosen mengoperasionalkan kurikulum ke dalam bentuk Rencana Program Semester atau RPS (Naskah Akademik Pengembangan Kurikulum Unesa).
   
3. Penentuan dosen pengampu matakuliah dengan penerapan persyaratan yang ketat. Dosen Pascasarjana minimal bergelar doktor, terutama yang berjabatan guru besar dan telah memiliki sertifikat pendidik. Selain itu, dosen pengampu matakuliah harus memiliki keahlian yang sesuai dengan matakuliah yang dibinanya. (PM Penentuan Dosen Pengampu Matakuliah No. PM/08/GPM/Pasca-Unesa).
   
4. Perekrutan calon mahasiswa Pascasarjana Unesa melalui mekanisme seleksi melalui Hasil Tes Potensi Akademik (TPA), portofolio dan wawancara. Di samping itu, perekrutan calon mahasiswa Pascasarjana Unesa dapat melalui skim kerjasama yang selama ini telah dilakukan Pascasarjana dengan institusi-institusi seperti Pemkot, Pemprov, ataupun lembaga kementerian.
   
5. Pelaksanaan dan monev pembelajaran sesuai PM dilakukan sekali dalam setiap semester dan mewajibkan frekuensi perkuliahan 15 kali, kehadiran dosen dan mahasiswa 75% minimal. sedangkan dosen yang tidak hadir harus mengganti di waktu yang lain, menuntut adanya jurnal kuliah yang merekam materi perkuliahan yang didiskusikan pada setiap hari perkuliahan.
   
6. Pengendalian proses pembimbingan tesis dan disertasi dengan menerapkan kartu kendali yang merekam bentuk-bentuk dan isi interaksi dosen pembimbing dan mahasiswa.
   
7. Melakukan studi mengenai kepuasan pelanggan dan segera menindaklanjuti balikan yang diberikan. Pada saat sekarang kepuasan pelanggan di Pascasarjana Unesa rata-rata 73,5 dalam rentang 1-100 dengan standar minimal yang ditetapkan.